蜜蜂所面向世界农业科技前沿，面向国家重大需求，面向现代化农业建设主战场，面向人民生命健康，积极开展双边、多边和民间等多种形式的國際合作，合作领域和对象日趋广泛，国际地位与话语权与日俱增，对外开放水平与影响力不断提升。在新的时代背景下，蜜蜂所不仅肩负着蜂业科技創新能力建设的任务，还承担着执行国家重大战略决策、打造周边科技創新合作共同体的义务，应加快培育国际农业科技竞争新优势，促进國際合作工作快速平稳开展，成为国家蜂业科技外交的倚重力量。

研究所與聯合國糧食及農業組織（FAO）、國際標准化組織（ISO）、世界動物衛生組織（OIE）、國際蜂業聯合會（APIMONDIA）、亞洲蜂業聯合會（AAA）、美國農業部農業研究局蜜蜂研究中心、韓國農村振興廳、加拿大圭爾夫大學、康奈爾大學等國際組織及研究機構長期合作，開展蜂産業技術研究、開發、技術轉移與培訓、青年學者交流、技術示範等相關工作任務。研究所與英國自然曆史博物館、韓國農村振興廳、美國加州大學歐文分校、美國弗洛裏達大學、美國中央州立大學、美國堪薩斯州立大學、美國亞利桑那州立大學、泰國清邁大學、美國密歇根州立大學、美國加利福尼亞大學、加拿大圭爾夫大學、以色列農業研究組織植物保護研究所、以色列海法大學、英國埃克塞特大學、埃塞俄比亞麥克雷大學等國際知名蜂業研究機構簽署合作協議。

研究所現有博士留學生5人，中國-荷蘭瓦赫甯根大學合作辦學博士研究生6名。柔性引進美國農業部農業研究局蜜蜂研究中心及英國自然曆史博物館生命科學系教授共計2人擔任研究所客座榮譽教授。目前有20余名科研人員在國際機構和刊物兼職，在全球蜂業科技發展與國家間合作，以及提升我國蜂産業國際影響力和競爭力方面做出卓越貢獻。